ALD non exonérante : indemnisation limitée à un an dès octobre 2026

Informations juridiques et conventionnelles vérifiées au 8 octobre 2026.

À compter du 15 octobre 2026, la durée maximale d’indemnisation des arrêts de travail liés à certaines affections de longue durée (ALD) passe de 3 ans à 1 an. Cette réforme concerne les salariés bénéficiant d’une ALD non exonérante, c’est-à-dire une affection nécessitant un suivi prolongé sans ouvrir droit à la prise en charge des soins à 100 % par l’Assurance maladie.

Prévue par deux décrets du 16 septembre 2026, cette évolution modifie sensiblement la durée pendant laquelle les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) peuvent être versées. Elle concerne les nouveaux arrêts, mais aussi certains arrêts déjà en cours, selon des dispositions transitoires qu’il est indispensable de vérifier.

Pour les employeurs et les gestionnaires de paie, l’enjeu consiste à identifier les conséquences possibles sur le maintien de salaire, la subrogation et les garanties de prévoyance, sans confondre la fin des droits aux IJSS avec la fin de l’arrêt maladie ou du contrat de travail.

Que change la réforme de l’indemnisation des ALD ?

Le décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026 modifie notamment l’article R. 323-1 du Code de la sécurité sociale. Il réduit la durée maximale dérogatoire d’indemnisation des assurés atteints d’une affection de longue durée ne donnant pas lieu à une exonération de leur participation aux frais de santé.

Pour ces assurés, la période pendant laquelle des indemnités journalières peuvent être servies au titre de l’affection concernée passe de 3 ans à 1 an, sous réserve des conditions d’ouverture et de maintien des droits. Légifrance

La réforme ne supprime donc pas les indemnités journalières pour les personnes atteintes d’une ALD non exonérante. Elle réduit la durée de la période pendant laquelle elles peuvent être versées.

Quels assurés sont concernés ?

Le premier décret concerne notamment les assurés du régime général, les salariés agricoles et les clercs et employés de notaire. Le décret n° 2026-867 du même jour adapte également les règles applicables à d’autres catégories d’assurés.

• Les salariés relevant du régime général de Sécurité sociale.
• Les salariés relevant du régime agricole.
• Les clercs et employés de notaire.
• Les travailleurs indépendants.
• Les fonctionnaires de l’État et les magistrats, dans le cadre des dispositions qui leur sont applicables.
• Les ministres des cultes et les membres des congrégations et collectivités religieuses.

Le second décret procède aux adaptations réglementaires nécessaires pour plusieurs de ces catégories. Légifrance

Pour les employeurs du secteur privé, la principale conséquence porte sur les salariés en arrêt maladie prolongé bénéficiant de la procédure applicable aux ALD non exonérantes.

Quelle différence entre ALD exonérante et non exonérante ?

La distinction entre les deux catégories d’affections de longue durée est déterminante. La réforme ne concerne pas toutes les personnes atteintes d’une maladie grave ou chronique.

Les ALD exonérantes conservent une indemnisation sur trois ans

Une ALD exonérante correspond à une affection répondant aux critères réglementaires permettant une prise en charge des soins liés à cette maladie à 100 % de la base de remboursement de l’Assurance maladie, sous réserve des frais restant éventuellement à la charge de l’assuré.

Il peut notamment s’agir de maladies inscrites sur la liste réglementaire des ALD ou d’affections graves reconnues hors liste répondant aux conditions prévues.

Pour ces affections, la durée maximale de la période d’indemnisation des arrêts de travail demeure fixée à 3 ans.

Les ALD non exonérantes sont concernées par la réduction à un an

Une ALD non exonérante est une affection dont l’évolution prévisible dépasse 6 mois et qui nécessite une interruption de travail ou des soins prolongés, mais qui n’ouvre pas droit à l’exonération du ticket modérateur.

Les soins restent alors remboursés aux taux habituels de l’Assurance maladie. Cette reconnaissance peut néanmoins permettre, lorsque les conditions sont réunies, la poursuite du versement d’indemnités journalières au-delà du sixième mois d’arrêt. Assurance Maladie

Certains glaucomes, certaines formes d’arthrose, des troubles thyroïdiens ou d’autres maladies chroniques peuvent, selon leur situation médicale, relever du dispositif des ALD non exonérantes. Toutefois, la seule désignation d’une maladie ne permet pas de déterminer automatiquement son régime.

La qualification dépend des critères médicaux et administratifs examinés par l’Assurance maladie. Certaines pathologies peuvent relever d’une ALD exonérante lorsqu’elles répondent aux conditions correspondantes.

Quels arrêts sont concernés à partir du 15 octobre 2026 ?

Les dispositions transitoires sont essentielles pour déterminer si un assuré relève de la nouvelle période maximale d’un an ou peut conserver l’ancien régime de 3 ans.

Les arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026

Les nouvelles règles s’appliquent aux arrêts de travail prescrits à compter du 15 octobre 2026, lorsque ces arrêts relèvent du dispositif des ALD non exonérantes.

L’assuré bénéficie alors, sous réserve des conditions applicables, d’une période maximale d’indemnisation d’un an au titre de l’affection concernée.

Les arrêts antérieurs atteignant six mois après cette date

La réforme s’applique également aux arrêts déjà en cours au 15 octobre 2026 lorsque l’incapacité de travail atteint 6 mois à compter de cette date.

Autrement dit, un arrêt commencé avant le 15 octobre 2026 n’ouvre pas automatiquement droit au maintien de l’ancien régime de 3 ans. Sa situation doit être appréciée au regard des dispositions transitoires.

Les arrêts déjà reconnus au titre du dispositif de longue durée

Service Public précise que les assurés déjà en arrêt depuis plus de 6 mois au 15 octobre 2026 conservent l’ancien régime d’indemnisation, pouvant atteindre 3 ans. Service Public

Le décret apporte toutefois une précision juridique importante : il vise expressément les assurés qui, à la date du 15 octobre 2026, se sont déjà vu reconnaître le bénéfice de la procédure prévue à l’article L. 324-1 du Code de la sécurité sociale.

Cette condition doit être prise en compte lorsqu’un arrêt a débuté depuis plus de 6 mois, mais que la reconnaissance administrative au titre de cette procédure n’est pas établie ou demeure en cours d’instruction.

Comment fonctionne la nouvelle période d’indemnisation d’un an ?

L’article R. 323-1 du Code de la sécurité sociale distingue désormais les durées maximales applicables aux affections donnant lieu à la procédure prévue à l’article L. 324-1, selon que l’assuré bénéficie ou non de l’exonération de sa participation aux frais de santé.

Pour les ALD non exonérantes, la durée maximale est fixée à un an. Pour les ALD exonérantes, elle demeure fixée à 3 ans. Légifrance

À partir de quelle date l’année est-elle décomptée ?

Selon les précisions de l’Assurance maladie, la période d’un an commence à courir à partir du premier jour du premier arrêt de travail en lien avec l’affection concernée.

Il ne faut donc pas considérer qu’une nouvelle période d’un an commence automatiquement à chaque prolongation médicale. De même, le franchissement du sixième mois d’arrêt ne constitue pas nécessairement le point de départ d’une année supplémentaire d’indemnisation. Assurance Maladie

Quelle reprise pour ouvrir une nouvelle période ?

Pour ouvrir une nouvelle période maximale d’indemnisation au titre de la même affection, le salarié doit avoir repris son travail pendant au moins un an.

Une interruption de quelques semaines ou de quelques mois entre deux arrêts liés à la même maladie ne suffit donc pas à ouvrir automatiquement un nouveau droit d’un an.

Faut-il confondre cette règle avec les 360 indemnités journalières ?

Non. En dehors du régime dérogatoire applicable aux affections reconnues, le régime général prévoit un maximum de 360 indemnités journalières sur une période quelconque de 3 ans.

Il faut distinguer cette limite exprimée en nombre d’indemnités journalières de la durée maximale de la période d’indemnisation applicable aux affections reconnues au titre de l’article L. 324-1.

La réforme ne doit donc pas être interprétée comme l’attribution automatique de 365 indemnités journalières à chaque assuré atteint d’une ALD non exonérante. Le versement effectif reste soumis aux conditions médicales et administratives applicables.

Exemples d’application de la réforme

Plusieurs situations permettent de comprendre les conséquences des nouvelles dispositions. Les exemples ci-dessous supposent que l’affection concernée relève bien d’une ALD non exonérante.

Ces exemples permettent d’identifier la règle susceptible de s’appliquer. Ils ne remplacent pas la décision de l’organisme d’assurance maladie sur l’ouverture des droits et la durée effective de leur versement.

Quelles conséquences pour le maintien de salaire et la paie ?

La réduction de la période maximale d’indemnisation peut avoir des répercussions sur la gestion des absences de longue durée. Toutefois, il faut distinguer trois mécanismes : les indemnités journalières de Sécurité sociale, le maintien de salaire par l’employeur et les éventuelles prestations de prévoyance.

Le maintien de salaire par l’employeur

L’article L. 1226-1 du Code du travail prévoit, sous conditions, une indemnité complémentaire à la charge de l’employeur pour les salariés absents en raison d’une maladie ou d’un accident.

Cette indemnisation légale dépend notamment de l’ancienneté du salarié, des justificatifs de l’absence et de sa prise en charge par la Sécurité sociale. Elle obéit à des durées et à des modalités spécifiques. Légifrance

Une convention collective, un accord d’entreprise ou un engagement applicable peut prévoir des dispositions plus favorables.

La réforme des IJSS ne réduit donc pas automatiquement la durée du maintien de salaire conventionnel. Il faut vérifier les conditions exactes du dispositif applicable, notamment lorsque son calcul ou son versement dépend de l’indemnisation par la Sécurité sociale.

La subrogation et le risque de décalage des remboursements

Lorsqu’une entreprise pratique la subrogation, elle perçoit directement les IJSS dues au salarié pendant la période correspondante, sous les conditions applicables.

Si les droits du salarié arrivent à leur terme, l’employeur ne doit pas continuer à considérer comme acquises des indemnités journalières qui ne seront plus versées par la caisse.

Le risque consiste notamment à maintenir sur les bulletins des montants d’IJSS estimées, alors que les décomptes de l’Assurance maladie ne confirment plus leur versement. Le rapprochement des montants figurant en paie avec les bordereaux de paiement des indemnités journalières (BPIJ) devient alors essentiel. Assurance Maladie

Les garanties de prévoyance

Certains salariés bénéficient d’un régime collectif de prévoyance qui garantit le versement de prestations en cas d’incapacité temporaire de travail.

Le versement de ces prestations dépend des stipulations du contrat d’assurance : franchise, durée de garantie, conditions de déclenchement, coordination avec les IJSS et éventuelles exclusions.

La cessation des IJSS ne signifie donc ni que la prévoyance prend automatiquement le relais, ni que toutes les garanties deviennent immédiatement inapplicables. Le contrat de prévoyance doit être vérifié, en particulier lorsqu’il conditionne ses prestations au versement d’indemnités journalières par l’organisme de Sécurité sociale.

Comment suivre un arrêt maladie de longue durée ?

La réforme renforce l’intérêt d’un suivi régulier des arrêts prolongés, particulièrement lorsqu’un salarié approche de l’échéance de ses droits aux indemnités journalières.

Pour l’employeur ou le gestionnaire de paie, plusieurs contrôles permettent de limiter les erreurs.

1. Reconstituer les périodes d’absence : date du premier arrêt, prolongations, interruptions et éventuelles reprises du travail.
2. Contrôler les IJSS effectivement versées : rapprocher les données de paie des relevés disponibles et des BPIJ en cas de subrogation.
3. Vérifier les dispositions de maintien de salaire : durée légale, règles conventionnelles et éventuels engagements plus favorables.
4. Examiner les garanties de prévoyance : conditions d’ouverture, franchise, durée d’indemnisation et articulation avec les IJSS.
5. Faire confirmer les situations incertaines : lorsque le régime transitoire ou l’épuisement des droits n’est pas établi, demander au salarié de solliciter une confirmation auprès de sa caisse.

L’employeur peut-il demander si le salarié bénéficie d’une ALD ?

L’employeur ne dispose pas d’un droit général d’accès au diagnostic médical du salarié ou à son dossier de santé. Les données relatives à une pathologie et à sa prise en charge relèvent du secret médical et de la protection des données personnelles.

La Commission nationale de l’informatique et des libertés (CNIL) rappelle que l’employeur ou le service des ressources humaines ne peut pas détenir le dossier médical des salariés. CNIL

En conséquence, le suivi administratif et financier d’un arrêt de longue durée doit être organisé sans exiger du salarié qu’il révèle sa pathologie ou transmette son protocole de soins à l’employeur.

CYCLO RH sécurise le traitement de vos arrêts maladie

Les arrêts maladie prolongés constituent un sujet sensible en paie, notamment lorsque les indemnités journalières, le maintien de salaire conventionnel et les garanties de prévoyance doivent être coordonnés.

Avec son service d’externalisation de la paie, CYCLO RH accompagne les TPE et PME dans le traitement des absences, le suivi des indemnités journalières, la subrogation et l’application des règles de maintien de salaire.

Lorsqu’un dossier présente des anomalies ou des écarts entre les indemnités attendues et les remboursements effectivement perçus, un audit et contrôle de paie permet de vérifier les traitements effectués et d’identifier les éventuelles régularisations nécessaires.

L’objectif est de fiabiliser les bulletins, limiter les écarts de subrogation et anticiper les échéances d’indemnisation, tout en respectant les obligations de l’employeur et la confidentialité des informations médicales.

FAQ – Indemnisation des ALD non exonérantes

Toutes les ALD sont-elles limitées à un an d’indemnisation ?

Non. La réduction à un an concerne les ALD non exonérantes relevant des nouvelles dispositions. Les ALD exonérantes conservent une période maximale d’indemnisation de 3 ans.

Un arrêt commencé avant le 15 octobre 2026 reste-t-il indemnisé pendant trois ans ?

Pas systématiquement. Les arrêts antérieurs atteignant 6 mois après le 15 octobre 2026 peuvent relever du nouveau régime. Les dispositions transitoires protègent notamment les assurés bénéficiant déjà, à cette date, de la procédure prévue à l’article L. 324-1 du Code de la sécurité sociale.

L’indemnisation s’arrête-t-elle automatiquement après 365 jours ?

La réforme fixe une période maximale d’indemnisation d’un an, et non un droit automatique à 365 indemnités journalières. La durée exacte et les conditions de versement doivent être appréciées par l’organisme d’assurance maladie.

Une prolongation d’arrêt ouvre-t-elle une nouvelle année d’indemnisation ?

Non. Une simple prolongation ne fait pas repartir la période d’indemnisation à zéro. Pour ouvrir une nouvelle période au titre de la même affection, une reprise du travail d’au moins un an est nécessaire.

L’employeur doit-il maintenir le salaire pendant un an ?

Non, pas du seul fait de cette réforme. Le maintien de salaire obéit à des règles légales et conventionnelles distinctes. Sa durée dépend notamment de l’ancienneté, de la convention collective et des garanties applicables.

La prévoyance continue-t-elle à indemniser après l’arrêt des IJSS ?

Cela dépend du contrat de prévoyance. Certaines garanties sont coordonnées avec les prestations de la Sécurité sociale. Les conditions de versement, la durée de garantie et les exclusions éventuelles doivent être examinées avant de conclure à une poursuite de l’indemnisation.

La fin des IJSS entraîne-t-elle la fin du contrat de travail ?

Non. L’épuisement des droits aux indemnités journalières ne met pas automatiquement fin à l’arrêt médicalement justifié ni au contrat de travail. La situation du salarié doit être traitée selon les règles relatives à la suspension du contrat et, le cas échéant, à la reprise du travail.

L’employeur peut-il connaître la nature de l’ALD ?

L’employeur n’a pas de droit général à connaître le diagnostic ou le protocole de soins du salarié. Le suivi administratif doit s’appuyer sur les justificatifs d’absence et les informations nécessaires au traitement de la paie, dans le respect du secret médical.